In [1]:
# This Python 3 environment comes with many helpful analytics libraries installed
# It is defined by the kaggle/python Docker image: https://github.com/kaggle/docker-python
# For example, here's several helpful packages to load
import numpy as np # linear algebra
import pandas as pd # data processing, CSV file I/O (e.g. pd.read_csv)
# Input data files are available in the read-only "../input/" directory
# For example, running this (by clicking run or pressing Shift+Enter) will list all files under the input directory
import os
for dirname, _, filenames in os.walk('/kaggle/input'):
for filename in filenames:
print(os.path.join(dirname, filename))
# You can write up to 20GB to the current directory (/kaggle/working/) that gets preserved as output when you create a version using "Save & Run All"
# You can also write temporary files to /kaggle/temp/, but they won't be saved outside of the current session
/kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/val/2/24734_left-600.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/val/2/10824_left-600.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/val/2/4696_left-600.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/val/2/11462_right-600-ALL.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/val/2/6293_right-600-ALL.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/val/2/007-1653-000.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/val/2/25011_left-600.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/val/2/653534ded339-GF-600.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/val/2/7437_right-600.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/val/2/007-3412-200.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/val/2/20170608112856878.jpg 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/kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/32148_right-600-FS.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/28567_left-600-FA.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/33358_right-600-FS.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/10076_right-600-HB.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/35804_left-600-HB.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/007-6900-400.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/32868_right-600-FS.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/2df07eb5779f-GF-600-FA.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/6707_left-600-HFF.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/37834_left-600-FA.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/312694ea8e6a.png /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/32261_left-600-HFF.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/66a0bf258013-600.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/11730_right-600-HFF.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/27483_right-600.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/33080_right-600-FA.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/6c250a30593b-GF-600-HB.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/41655_left-600-HB.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/4591_left-600-FS.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/d271d3a2b552-GF-600-FA.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/4531_left-600-HB.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/37834_right-600-HB.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/8bed09514c3b-600-HB.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/518e880613de.png /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/3993_left-600-FS.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/8ae049175db6-GF-600-FS.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/22665_left-600-HB.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/32951_right-600.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/9240_right-600-FS.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/39259_left-600-HFF.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/28948_right-600-FA.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/32846_right-600-FA.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/10685_right-600-HB.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/c6a145742708-GF-600.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/25888_left-600-FA.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/a182b5b191de.png /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/28497_right-600.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/007-6426-400.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/24290_right-600-HFF.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/e32dc722eca5-600-HFF.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/17114_right-600-HFF.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/34807_left-600-HB.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/007-6563-400.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/61e301bd3c25.png /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/3206171db5be.png /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/28192_left-600-FA.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/7163_right-600-HFF.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/df4aec4a0eaf-GF-600-FS.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/21abd36095a1.png /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/007-6441-400.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/39188_right-600-HFF.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/29680_left-600.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/6630f8675a97-600-FA.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/34472_right-600-HB.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/29188_left-600-HFF.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/30549_right-600-HB.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/f72adcac5638.png /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/3b185ac445d0-600-HB.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/IDRiD_100.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/7efc91af4ae6-600-HB.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/007-6294-400.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/001639a390f0-GF-600-HFF.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/36049_left-600-HB.jpg /kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset/train/4/08a3875063c3-GF-600-HFF.jpg
In [2]:
import os
import time
import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
from sklearn.metrics import confusion_matrix, roc_curve, auc
from sklearn.preprocessing import label_binarize
import torch
import torch.nn as nn
import torch.optim as optim
from torch.utils.data import DataLoader, Dataset
from torchvision import transforms, models
from PIL import Image
import cv2
from tqdm import tqdm
from torch.cuda.amp import autocast, GradScaler
from IPython.display import FileLink
import warnings
warnings.filterwarnings('ignore')
# Set device
device = torch.device('cuda' if torch.cuda.is_available() else 'cpu')
print(f'Using device: {device}')
# Custom Dataset Class with Error Handling for Corrupt JPEGs
class FundusDataset(Dataset):
def __init__(self, root_dir, transform=None):
self.root_dir = root_dir
self.transform = transform
self.images = []
self.labels = []
for class_idx, class_name in enumerate(['0', '1', '2', '3', '4']):
class_path = os.path.join(root_dir, class_name)
for img_name in os.listdir(class_path):
self.images.append(os.path.join(class_path, img_name))
self.labels.append(class_idx)
def __len__(self):
return len(self.images)
def __getitem__(self, idx):
img_path = self.images[idx]
label = self.labels[idx]
try:
# Load image
img = cv2.imread(img_path)
if img is None:
raise Exception("Image loading failed")
img = cv2.cvtColor(img, cv2.COLOR_BGR2RGB)
# Noise reduction (Gaussian Blur)
img = cv2.GaussianBlur(img, (5, 5), 0)
# Convert to PIL for transforms
img = Image.fromarray(img)
if self.transform:
img = self.transform(img)
return img, label
except Exception as e:
print(f"Error processing {img_path}: {str(e)}")
# Skip corrupt image by returning next valid one
return self.__getitem__((idx + 1) % len(self))
# Data Preprocessing and Augmentation
train_transforms = transforms.Compose([
transforms.Resize((224, 224)),
transforms.RandomHorizontalFlip(),
transforms.RandomRotation(15), # Reduced rotation for speed
transforms.ToTensor(),
transforms.Normalize(mean=[0.485, 0.456, 0.406], std=[0.229, 0.224, 0.225])
])
val_test_transforms = transforms.Compose([
transforms.Resize((224, 224)),
transforms.ToTensor(),
transforms.Normalize(mean=[0.485, 0.456, 0.406], std=[0.229, 0.224, 0.225])
])
# Dataset Paths
base_path = '/kaggle/input/fundus-aptosddridirdeyepacsmessidor/split_dataset'
train_path = os.path.join(base_path, 'train')
val_path = os.path.join(base_path, 'val')
test_path = os.path.join(base_path, 'test')
# Load Datasets
train_dataset = FundusDataset(train_path, transform=train_transforms)
val_dataset = FundusDataset(val_path, transform=val_test_transforms)
test_dataset = FundusDataset(test_path, transform=val_test_transforms)
# DataLoaders with Optimized Settings
batch_size = 64 # Increased for faster training
train_loader = DataLoader(train_dataset, batch_size=batch_size, shuffle=True, num_workers=4, pin_memory=True)
val_loader = DataLoader(val_dataset, batch_size=batch_size, shuffle=False, num_workers=4, pin_memory=True)
test_loader = DataLoader(test_dataset, batch_size=batch_size, shuffle=False, num_workers=4, pin_memory=True)
# Model Setup for EfficientNet-B0
def get_efficientnet(model_name='efficientnet_b0'):
model = getattr(models, model_name)(pretrained=True)
num_ftrs = model.classifier[1].in_features
model.classifier[1] = nn.Linear(num_ftrs, 5) # 5 classes
return model.to(device)
# Training and Evaluation Functions
class EarlyStopping:
def __init__(self, patience=5, min_delta=0):
self.patience = patience
self.min_delta = min_delta
self.best_loss = None
self.counter = 0
self.early_stop = False
def __call__(self, val_loss):
if self.best_loss is None:
self.best_loss = val_loss
elif val_loss > self.best_loss - self.min_delta:
self.counter += 1
if self.counter >= self.patience:
self.early_stop = True
else:
self.best_loss = val_loss
self.counter = 0
def train_model(model, train_loader, val_loader, criterion, optimizer, num_epochs, model_name):
history = {'train_loss': [], 'train_acc': [], 'val_loss': [], 'val_acc': []}
early_stopping = EarlyStopping(patience=5)
scaler = GradScaler() # For mixed precision
best_val_loss = float('inf')
best_model_path = f'/kaggle/working/best_{model_name}.pth'
for epoch in range(num_epochs):
start_time = time.time()
# Training
model.train()
train_loss, train_correct, train_total = 0, 0, 0
for images, labels in tqdm(train_loader, desc=f'Epoch {epoch+1}/{num_epochs}'):
images, labels = images.to(device), labels.to(device)
optimizer.zero_grad()
# Mixed precision training
with autocast():
outputs = model(images)
loss = criterion(outputs, labels)
scaler.scale(loss).backward()
scaler.step(optimizer)
scaler.update()
train_loss += loss.item()
_, predicted = torch.max(outputs, 1)
train_total += labels.size(0)
train_correct += (predicted == labels).sum().item()
train_loss /= len(train_loader)
train_acc = train_correct / train_total
# Validation
model.eval()
val_loss, val_correct, val_total = 0, 0, 0
with torch.no_grad():
for images, labels in val_loader:
images, labels = images.to(device), labels.to(device)
with autocast():
outputs = model(images)
loss = criterion(outputs, labels)
val_loss += loss.item()
_, predicted = torch.max(outputs, 1)
val_total += labels.size(0)
val_correct += (predicted == labels).sum().item()
val_loss /= len(val_loader)
val_acc = val_correct / val_total
# Save best model
if val_loss < best_val_loss:
best_val_loss = val_loss
torch.save(model.state_dict(), best_model_path)
print(f'Saved best model with Val Loss: {val_loss:.4f} at {best_model_path}')
# Record history
history['train_loss'].append(train_loss)
history['train_acc'].append(train_acc)
history['val_loss'].append(val_loss)
history['val_acc'].append(val_acc)
# Latency
latency = time.time() - start_time
print(f'Epoch {epoch+1}/{num_epochs}')
print(f'Train Loss: {train_loss:.4f}, Train Acc: {train_acc:.4f}')
print(f'Val Loss: {val_loss:.4f}, Val Acc: {val_acc:.4f}')
print(f'Latency: {latency:.2f}s')
# Early stopping
early_stopping(val_loss)
if early_stopping.early_stop:
print("Early stopping triggered")
break
# Display download link
if os.path.exists(best_model_path):
print(f'\nDownload the best model ({model_name}) below:')
display(FileLink(os.path.basename(best_model_path)))
return history
def evaluate_model(model, test_loader, criterion):
model.eval()
test_loss, test_correct, test_total = 0, 0, 0
all_preds, all_labels, all_probs = [], [], []
with torch.no_grad():
for images, labels in test_loader:
images, labels = images.to(device), labels.to(device)
with autocast():
outputs = model(images)
loss = criterion(outputs, labels)
test_loss += loss.item()
_, predicted = torch.max(outputs, 1)
test_total += labels.size(0)
test_correct += (predicted == labels).sum().item()
all_preds.extend(predicted.cpu().numpy())
all_labels.extend(labels.cpu().numpy())
all_probs.extend(torch.softmax(outputs, dim=1).cpu().numpy())
test_loss /= len(test_loader)
test_acc = test_correct / test_total
return test_loss, test_acc, all_preds, all_labels, all_probs
# Plotting Functions (unchanged)
def plot_history(history, model_name):
plt.figure(figsize=(12, 4))
plt.subplot(1, 2, 1)
plt.plot(history['train_loss'], label='Train Loss')
plt.plot(history['val_loss'], label='Val Loss')
plt.title(f'{model_name} Loss')
plt.xlabel('Epoch')
plt.ylabel('Loss')
plt.legend()
plt.subplot(1, 2, 2)
plt.plot(history['train_acc'], label='Train Acc')
plt.plot(history['val_acc'], label='Val Acc')
plt.title(f'{model_name} Accuracy')
plt.xlabel('Epoch')
plt.ylabel('Accuracy')
plt.legend()
plt.tight_layout()
plt.savefig(f'/kaggle/working/{model_name}_history.png')
plt.show()
def plot_confusion_matrix(labels, preds, model_name):
cm = confusion_matrix(labels, preds)
plt.figure(figsize=(8, 6))
sns.heatmap(cm, annot=True, fmt='d', cmap='Blues')
plt.title(f'{model_name} Confusion Matrix')
plt.xlabel('Predicted')
plt.ylabel('True')
plt.savefig(f'/kaggle/working/{model_name}_cm.png')
plt.show()
def plot_roc_curve(labels, probs, model_name):
labels_bin = label_binarize(labels, classes=[0, 1, 2, 3, 4])
n_classes = labels_bin.shape[1]
fpr = dict()
tpr = dict()
roc_auc = dict()
for i in range(n_classes):
fpr[i], tpr[i], _ = roc_curve(labels_bin[:, i], probs[:, i])
roc_auc[i] = auc(fpr[i], tpr[i])
plt.figure(figsize=(8, 6))
colors = ['blue', 'red', 'green', 'purple', 'orange']
for i, color in zip(range(n_classes), colors):
plt.plot(fpr[i], tpr[i], color=color, lw=2,
label=f'ROC curve class {i} (AUC = {roc_auc[i]:.2f})')
plt.plot([0, 1], [0, 1], 'k--', lw=2)
plt.xlim([0.0, 1.0])
plt.ylim([0.0, 1.05])
plt.xlabel('False Positive Rate')
plt.ylabel('True Positive Rate')
plt.title(f'{model_name} ROC Curve')
plt.legend(loc="lower right")
plt.savefig(f'/kaggle/working/{model_name}_roc.png')
plt.show()
# Main Execution for EfficientNet-B0 Only
model_name = 'efficientnet_b0'
print(f'\nTraining {model_name}...')
# Initialize model
model = get_efficientnet(model_name)
# Optimizer
optimizer = optim.Adam(model.parameters(), lr=0.001, weight_decay=1e-5)
criterion = nn.CrossEntropyLoss()
num_epochs = 30 # Reduced max epochs
# Train model
history = train_model(model, train_loader, val_loader, criterion, optimizer, num_epochs, model_name)
# Evaluate model
test_loss, test_acc, test_preds, test_labels, test_probs = evaluate_model(model, test_loader, criterion)
print(f'\n{model_name} Test Results:')
print(f'Test Loss: {test_loss:.4f}, Test Acc: {test_acc:.4f}')
# Plot results
plot_history(history, model_name)
plot_confusion_matrix(test_labels, test_preds, model_name)
plot_roc_curve(test_labels, np.array(test_probs), model_name)
Using device: cuda Training efficientnet_b0...
Downloading: "https://download.pytorch.org/models/efficientnet_b0_rwightman-7f5810bc.pth" to /root/.cache/torch/hub/checkpoints/efficientnet_b0_rwightman-7f5810bc.pth 100%|██████████| 20.5M/20.5M [00:00<00:00, 204MB/s] Epoch 1/30: 41%|████ | 191/467 [02:12<02:28, 1.85it/s]Corrupt JPEG data: 35 extraneous bytes before marker 0xd9 Epoch 1/30: 47%|████▋ | 221/467 [02:31<02:48, 1.46it/s]Corrupt JPEG data: 38 extraneous bytes before marker 0xd9 Epoch 1/30: 100%|██████████| 467/467 [05:18<00:00, 1.47it/s]
Saved best model with Val Loss: 0.8398 at /kaggle/working/best_efficientnet_b0.pth Epoch 1/30 Train Loss: 1.0275, Train Acc: 0.5747 Val Loss: 0.8398, Val Acc: 0.6626 Latency: 389.52s
Epoch 2/30: 52%|█████▏ | 245/467 [02:30<03:40, 1.01it/s]Corrupt JPEG data: 35 extraneous bytes before marker 0xd9 Epoch 2/30: 65%|██████▍ | 303/467 [03:06<01:53, 1.44it/s]Corrupt JPEG data: 38 extraneous bytes before marker 0xd9 Epoch 2/30: 100%|██████████| 467/467 [04:49<00:00, 1.61it/s]
Saved best model with Val Loss: 0.7917 at /kaggle/working/best_efficientnet_b0.pth Epoch 2/30 Train Loss: 0.8631, Train Acc: 0.6475 Val Loss: 0.7917, Val Acc: 0.6798 Latency: 354.15s
Epoch 3/30: 66%|██████▌ | 306/467 [03:15<01:59, 1.35it/s]Corrupt JPEG data: 38 extraneous bytes before marker 0xd9 Epoch 3/30: 95%|█████████▌| 445/467 [04:39<00:08, 2.48it/s]Corrupt JPEG data: 35 extraneous bytes before marker 0xd9 Epoch 3/30: 100%|██████████| 467/467 [04:53<00:00, 1.59it/s]
Saved best model with Val Loss: 0.7728 at /kaggle/working/best_efficientnet_b0.pth Epoch 3/30 Train Loss: 0.7926, Train Acc: 0.6791 Val Loss: 0.7728, Val Acc: 0.6841 Latency: 357.32s
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Epoch 22/30 Train Loss: 0.2624, Train Acc: 0.9015 Val Loss: 0.6245, Val Acc: 0.7830 Latency: 356.68s Early stopping triggered Download the best model (efficientnet_b0) below:
efficientnet_b0 Test Results: Test Loss: 0.6258, Test Acc: 0.7809
